1、固定相的選擇

測定時要先了解待測化合物的分子結構和性質以及樣品的基體情況，水合能高和疏水性弱的離子用離子交換法，水合能低和疏水性強的用親水性強的離子交換柱，有一定疏水性也有明顯水合能pKa在1到7之間的離子用離子排斥法，有些離子既可用陰離子交換分離，也可用陽離子交換分離，如氨基酸，生物堿和過渡金屬等。陰離子分析柱有碳酸鹽選擇性陰離子交換柱和氫氧根離子交換柱兩大系列。

2、淋洗液的選擇

1)淋洗離子的種類、濃度及流速：陰離子色譜的典型淋洗液按洗脫能力由強到弱有碳酸鹽、碳酸氫根、氫氧根、硼酸、四硼酸鈉，根據被洗脫離子的保留性強弱加以選擇。離子保留性強弱與離子的價態、離子半徑、極化度有關，價態越高，保留性越強；離子半徑越大，保留性越強；極化度越大，保留性越強。對同一種淋洗液，濃度越大，洗脫能力越強。增加淋洗液的流速可以縮短保留時間，但要考慮分離度和柱子所能承受的壓力。

2)淋洗液的pH值：其值提高，氫氧根濃度增加，一般情況被測離子保留時間減小；對于弱酸、多元酸，pH值提高，電離增加，保留時間反而增加，如磷酸根。

3)有機改進劑對保留的影響：縮短保留時間，對疏水性的離子影響更大；增加樣品的溶解度；改善疏水性和極化離子的色譜峰形；清洗被污染的色譜柱。

3、抑制器工作模式的選擇

抑制器發展經歷了樹脂填充抑制裝置、纖維薄膜抑制器、微膜抑制器(MMS)自動再生抑制器(SRS)、自動電解再生抑制器(AES)5個階段。淋洗液或溶液中無有機溶劑：SRS(自循環或外加水)和MMS；有機溶劑小于40%：SRS(外加水)和MMS；有機溶劑大于40%：MMS；典型的氫氧根淋洗液：AES和SRS工作中分離柱一旦選定，其分析條件就確定下來。